Après des études à l’Ecole Nationale de Musique de Troyes auprès de Jean Patéro, où il obtient un 1er Prix, Bertrand Côte poursuit sa formation de flûtiste à Paris auprès de Raymond Guiot, et suit des cours de musicologie à l’université de Paris VIII. Puis il entre à l’orchestre des Jeunes Musiciens de Champagne en 1979 où il joue sous la direction de Yves Prin. Il est également membre du quintette à vent de cette même formation. Parallèlement, il enseigne en région (écoles de musique rémoises, conservatoire de Laon).
En 1983, il est nommé professeur de flûte au « Nouveau Conservatoire » de Thessalonique, en Grèce. Il passera 5 années dans cette ville où il participera à la création du « Conservatoire Contemporain ». Au cours de ce séjour, il joue avec l’Orchestre National de Grèce du Nord et avec le quintette à vent « Kochlos » dont il est membre fondateur. Ses activités de musicien l’amènent à jouer des créations dans l’ensemble de la Grèce et en Turquie, lors de concerts et de radios. En 1989, il est directeur musical du stage d’été de Vertiscos, en Grèce du Nord .
De retour en France, il intègre l’orchestre du Grand Théâtre de Reims, où il participe à la saison lyrique et symphonique. Ses attirances musicales l’orientent à nouveau vers la musique de chambre : avec le quintette « Contrevent », il se produit en région, puis part en tournée, de Pologne (où il rencontre le quintette à vent de Cracovie pour une série de concerts en dixtuor) en Biélorussie, avec un programme de musique française.
En 1998, il est nommé professeur chargé de la coordination pour l’enseignement instrumental à la Maîtrise de la Cathédrale de Reims. Après avoir été reçu au concours d’Assistant Spécialisé d’Enseignement Artistique, il est nommé à l’Ecole Municipale de Musique d’Hirson, puis prends, en 2003, la direction de l’Ecole Musiques et Arts de Picardie, à Folembray (02).
Depuis 2000, il se produit en duo avec Frédéric Bernard.